I bonsai sono attaccati dai parassiti allo stesso modo delle piante di normale coltura, deve essere abile il cultore a scoprire le insidie e ad intervenire subito alla difesa delle piante.

Parassiti animali: i più assidui sono gli afidi, il ragno rosso e giallo e le cocciniglie.
Gli afidi o pidocchi sono lunghi 0,5 mm, si stanziano sulle cime delle piante e sulle foglie da cui succhiano la linfa, sono di colore cenere o verde; per combatterli si può usare un aficida o un macerato d’ortica.
I ragni rosso e giallo si dispongono sotto le foglie e le macchiettano, un’invasione di essi può addirittura far seccare la pianta, si combattono con acaricidi adatti.
Le cocciniglie si attaccano su tutte le parti della pianta per succhiarle la linfa, anche esse portano la pianta alla morte, si combattono pulendo la pianta con piccole spazzole o con antiparassitari idonei.

Parassiti vegetali: vi fanno parte le malattie fungine che si sviluppano con le muffe, esse sono ancora più dannose dei parassiti animali; sono numerose ma quelle più assidue sono: l’oidio e la ticchiolatura.
L’oidio, o mal bianco, forma una muffa bianca sulle foglie che le fa seccare, si combatte con prodotti antioidici che si trovano in commercio.
La ticchiolatura provoca sulle foglie delle grosse tacche con muffa grigia, si combatte con prodotti a base di ossicloruro di rame e calcio, captano e ziram.